Το Κέντρο Ειδικής Αγωγής έχει σταθερή επιδίωξη την ενσωμάτωση στις υπηρεσίες του της νέας επιστημονικής γνώσης που συντίθεται και αναλύεται τεκμηριωμένα στις καθ’ ύλην δομές.

Για το σκοπό αυτό, στο τρίχρονο Επιχειρησιακό Σχέδιό του αφιερώνει συγκεκριμένες ενέργειες/δράσεις και προκρίνει συγκεκριμένες μεθόδους.

Μεταξύ των μεθόδων/δράσεων είναι και η συνεργασία με τα αρμόδια Τμήματα των Πανεπιστημίων.

Η συνεργασία παίρνει αρκετές μορφές και γίνεται σε διάφορα επίπεδα. Η πιο κοινή μορφή είναι η Πρακτική Άσκηση σπουδαστών/φοιτητών στο ΚΕΑ.

Παράδειγμα προωθημένης μορφής είναι η μέσω Μνημονίου Συνεργασίας ευρείες ανταλλαγές σε διάφορα, περιλαμβανομένης της επιστημονικής έρευνας.

Μια τέτοια συνεργασία επιτεύχθηκε το 2019 με το Πανεπιστήμιο Μακεδονίας, αναβαθμίζοντας έτσι τη μέχρι τότε συνεργασία.