Για τα άτομα με Νοητική Αναπηρία η Φυσική Αγωγή και ο Αθλητισμός αποτελούν σημαντικό μέρος του ημερήσιου προγράμματός τους. Προσφέρουν πρόληψη απέναντι σε ορισμένες παθήσεις που εμφανίζουν πρόωρα σε σχέση με τον τυπικό πληθυσμό. Αξιοποιούνται στα πλαίσια της κοινωνικοποίησης τους, ως μέσα που βελτιώνουν προϋποθέσεις και όρους για την ένταξή τους.

Στο Κέντρο Ειδικής Αγωγής υλοποιείται «Καινοτόμο Πρόγραμμα Φυσικής Αγωγής». Όλοι οι ωφελούμενοι αξιολογούνται ως προς την φυσική τους κατάσταση (ΦΚ) σε πολλές κατηγορίες σωματικών ικανοτήτων και χαρακτηριστικών, με τη χρήση και σύγχρονων τεχνολογιών.

Με βάση τα αποτελέσματα της αξιολόγησης σχεδιάζονται και υλοποιούνται εξατομικευμένα προγράμματα φυσικής αγωγής (ΦΑ), σε συνέργεια με άλλες υποστηρικτικές υπηρεσίες (όπως Φυσικοθεραπεία, Εργοθεραπεία, Ψυχολογική υποστήριξη κ.α.). Τα αξιολογούμενα χαρακτηριστικά και οι βασικοί άξονες του εξατομικευμένου προγράμματος ΦΑ αποτυπώνονται στην «Ατομική Αθλητική Ταυτότητα» καθενός/μιας. Τα αποτελέσματα του εξατομικευμένου προγράμματος εκγύμνασης διαπιστώνονται με νέα αξιολόγηση σε τακτά διαστήματα και τα νέα αποτελέσματα και επανασχεδιασμοί προγραμμάτων ΦΑ τροφοδοτούν εκ νέου την Ατομική Αθλητική Ταυτότητα.