Το Κέντρο Ειδικής Αγωγής προσπαθεί να ικανοποιεί τους σκοπούς του αξιοποιώντας κατά το δυνατό τα επιστημονικά εργαλεία Διοίκησης-Οργάνωσης. Μεταξύ άλλων συγκροτεί επιχειρησιακά σχέδια 3 ως 5 χρόνων στα οποία αποτυπώνει τους βασικούς κι επιμέρους στόχους για το επιλεγμένο διάστημα, τις μεθόδους και μέσα οργάνωσης-υλοποίησης κλπ.

Το τρέχον τρίχρονο Επιχειρησιακό Σχέδιο 2019-2021 περιλαμβάνει 2 γενικούς/στρατηγικούς στόχους (που συνδέονται κυρίως με την αναβάθμιση των υπηρεσιών και δραστηριοτήτων του), οι οποίοι αναλύονται σε 18 άξονες, οι οποίοι περιλαμβάνουν 75 Ενέργειες, οι οποίες προβλέπεται να υλοποιηθούν με πάνω από 100 Δράσεις, για κάθε μια απ’ τις οποίες έχει δημιουργηθεί αναλυτικό σχέδιο Δράσης (με στόχους, περιεχόμενο, συνέργειες, μέθοδο υλοποίησης, ομάδες εργασίες, χρονοδιαγράμματα κλπ).

Το Επιχειρησιακό Σχέδιο παρακολουθείται με συγκεκριμένη μέθοδο και εργαλεία και αναθεωρείται κάθε χρόνο ή όποτε κρίνεται απαραίτητο.